Das Kloster in Saarn wurde unter dem Namen "Kloster Aula Sanctae Mariae" (= St. Mariae Saal) ca. 1214 gegründet. Damals war jedoch noch nicht klar, dass das Kloster Aula Sanctae Mariae bereits in den Zisterzienserorden aufgenommen würde. So wurde es erst 1216 offiziell und urkundlich von der Äbtissin Wolberna erklärt. Irgendwann zwischen 1216 und 1220 wurde dann die Saarner Klosterkirche und der Friedhof, welcher hinter dem Kloster liegt, von Erzbischof Engelbert I. von Köln eingeweiht. Der Erzbischof war auch derjenige, welcher die erste Schenkungsurkunde ausstellte. Eine Bestätigungsurkunde über den Besitz und die Aufnahme in den Zisterzienserorden etc. wurde 1223 vom Papst Honorius III., ausgestellt.
Durch die ganzen Ehrungen war das Kloster in Saarn sehr populär und gründete 1234 ein Tochterkloster in Duisburg. Kurz nach der Gründung des Saarner Klosters wurden ebenfalls zwei Tochterklöster errichtet, einmal in Kaarst und dann noch bei Neuss. Sie wurden von derselben Äbtissin geleitet und standen unter der geistlichen Aufsicht des Abtes von Kamp. Nachdem Äbtissin Wolberna gestorben war, gab es zwischen 1237-1250 eine Besitzauseinandersetzung der Klöster Saarn und Eppinghofen bei Neuss. 1392 wurde dann ein Altar gebaut und so ausgestattet von den ca.25 Nonnen, dass er einem Weltpriester übertragen werden kann.
Zur damaligen Zeit lebten die Nonnen unter sehr strenger Regel und besaßen jeweils ein Amt. Sie bauten Gemüse an und brauten Bier. Somit versorgten sie sich selbst und halfen ärmeren Menschen in der Not. In der nachfolgenden Zeit erlitt das Kloster einige Rückschläge. 1466 wurde dann der Abt von Kamp vom Generalkapitel mit der Reform des Klosters beauftragt. Somit wurden verfallene Klostergebäude wiederhergestellt oder wieder neu aufgebaut. 1476 war diese Aufgabe abgeschlossen und das Kloster stand wieder in einem neuen Licht dar. Durch diese Gegebenheiten wurde 1478 eine Schutzurkunde des Herzogs Wilhelm von Jülich-Berg ausgestellt.
Natürlich wurden die Klöster ab und zu von dem Generalabt der verschiedenen Orden besucht. Das Saarner Kloster kam 1574 in diesen besonderen Genuss. Zu dieser Zeit lebte Martin Luther, der einen gewissen Einfluss auf die Nonnen des Saarner Klosters hatte und sie mit seiner Auffassung von Kirche, Gott etc. stark beeinflusste. Doch auch in einem Kloster läuft nicht alles ohne Probleme. Somit gab es 1575 einen reformatorischen Streit, der um 1577 zu einer Supplik der Saarner Nonnen an die Ritterschaft von Berg führte und 1579 verjagte die Äbtissin die aufrührerischen Nonnen. Die Äbtissin wählte diesen Zeitpunkt, da eine Visitation des Abtes von Kamp bevorstand. Eine weitere Visitation 1590 und 1594 war jedoch ohne Erfolg. 1619 gab es dafür einen Erfolg, denn es wurde eine neue Äbtissin eingesetzt, was dazu führte, dass 1634 das Kloster als adelig bezeichnet wurde und man hörte nur noch formell zum Zisterzienserorden. Die neue Äbtissin brachte zwar Abwechslung in das Klosterleben, jedoch wurde sie 1642 wieder abgesetzt. Doch die Berühmtheit des Saarner Klosters brach nicht ab. 1703 besuchte der spätere Römisch-Deutsche Kaiser Karl VI. das Kloster und 1729 wurde im barocken Stil der Äbtissinnenbau errichtet. Das hatte zur Folge, dass genau 594 Jahre lang Zisterzienserinnen in Saarn lebten. Doch um weiterhin zu existieren, brauchte man auch Wirtschaftsgebäude, um die Ernte irgendwo zu lagern.
Das wurde dann 1755 in die Tat umgesetzt. Zu dieser Zeit ahnte man noch nicht, dass das Kloster seine letzte Blütezeit erleben würde. 1783 begannen dann noch mal Umbauten an den Klostergebäuden, vor allem im Kreuzgangbereich. Damals wusste man aber ebenfalls noch nicht, dass 12 Jahre später (1795) die linksrheinische Besitzung verloren ging. Etwas später kam dann die Auflösung durch die französische Verwaltung. Dieses geschah unter Napoleon am 2. Dezember 1808. Zwischen 1815–1862 wurde eine Gewehrfabrik in den leerstehenden Gebäuden errichtet und 1874 eine Tapetenfabrik im Wirtschaftsgebäude.
Da 1822 die letzte von 36 Äbtissinnen, Agathe von Heinzberg, gestorben war, wurde das Kloster der katholischen Gemeinde in Saarn überlassen. 1894 wurde das mittelalterliche Altarjoch mit Apsis abgerissen und 1895/97 kam es zu einer Überraschung, denn die Kirche wurde nach Osten hin erweitert.
1906 wurden die Gebäude des Klosters von August Thyssen gekauft und er errichtete einen Bauernhof in den Kreuzganggebäuden. Bald stand jedoch wieder eine Verkleinerung vor der Tür, denn 1938 wurde die heutige Bundesstrasse 1 gebaut und somit wurde der nördliche Teil des Wirtschaftsgebäudes abgerissen. Doch ohne Arbeit waren die Leute damals nicht zufrieden und so wurde zwischen 1958 und 1962 der Kreuzgang und 1963 die Kirche renoviert.
1974 kam dann auch noch der Turm und 1979–1989 die gesamte Anlage in den Genuss der Renovierungsarbeiten. Heutzutage bestehen das Kloster und die anliegenden Gebäude aus Naturstein und gehören neben dem Schloss Broich und der Petri-Kirche zu den bedeutensten Bau- und Kulturdenkmälern. 1990 gab es dann wieder etwas zu feiern, denn eine neue Orgel wurde eingeweiht. Diese Orgel hat eine große Bedeutung für die Kirche, denn Musik soll ja angeblich die verschiedensten Menschen zusammenbringen und das möchte die Kirche ja erreichen.