Durch die Rekonstruktion der Nonnenempore und die Freilegung der zisterziensischen Fenstergruppe in der Westwand der Kirche wurden Planungen zum Neubau einer Orgel unabdingbar. Entsprechend der Raumsituation ergab sich der heutige Standort der Orgel vor der Empore im neuromanischen Langhaus. Zwei Joche des nördlichen Seitenschiffes wurden aufgestockt und ein großer Bogen zur Aufnahme der Orgel in die Obergardenwand gebrochen.
Die mit dem Orgelneubau beauftragte Firma Fleiter in Münster-Nienberge erarbeitete gemeinsam mit der Architektengemeinschaft Fürle + Lüffgens die endgültige Fassung der Prospektgestaltung.
Danach stellt sich die Saarner orgel in die Tradition der klassischen Schwalbennestorgeln. Bemerkenswert ist hierbei, dass diese Orgel in 2 Ebenen, im Grundriss und im Aufriss gerundet ist.
